O projeto SourceForge OpenRasMol é um adjunto do projeto RasMol e OpenrasMol na http://rasmol.org. Espera-se que o projeto SourceForge OpenRasMol proporcione um ponto focal conveniente para contribuições colaborativas ativas. Características rasmol: RasMol é um programa gráfico molecular destinado à visualização de proteínas, ácidos nucleicos e pequenas moléculas. O programa destina-se a exibir, ensinar e geração de imagens de qualidade de publicação. A RasMol funciona em uma vasta gama de arquiteturas e sistemas operativos, incluindo sistemas Microsoft Windows, Apple Macintosh, UNIX e VMS. As versões UNIX e VMS requerem um ecrã X Windows de 8, 24 ou 32 bits (X11R4 ou mais tarde). A versão X Windows do RasMol fornece suporte opcional para uma caixa de marcações de hardware e comunicação de memória partilhada acelerada (através das extensões XInput e MIT-SHM) se disponível no atual Servidor X. O programa lê-se num ficheiro de coordenadas de moléculas e exibe interativamente a molécula no ecrã numa variedade de esquemas de cores e representações de moléculas. As representações atualmente disponíveis incluem quadros de fios de profundidade, varas 'Dreiding', esferas de enchimento de espaço (CPK), esferas de bola e vara, fitas biomoleculares sólidas e de fio, etiquetas de átomos e superfícies de pontos. A versão X Windows do RasMol fornece suporte opcional para uma caixa de marcações de hardware e comunicação de memória partilhada acelerada (através das extensões XInput e MIT-SHM) se disponível no atual Servidor X. O programa lê em ficheiros de coordenadas moleculares e exibe interativamente a molécula no ecrã numa variedade de representações e esquemas de cores. Os formatos de ficheiros de entrada suportados incluem o Protein Data Bank (PDB), os formatos Alchemy e Sybyl Mol2 da Tripos Associates, o formato molecular mol(MDL) do formato Mol, o formato XYZ (XMol) do Minnesota Supercomputer Center(MSC), o formato CHARMm, o formato CIF e os ficheiros de formato mmCIF. Se as informações de conectividade não estiverem contidas no ficheiro, esta é calculada automaticamente. A molécula carregada pode ser mostrada como ligações de arame, ligações de vara 'Dreiding' do cilindro, traço alfa-carbono, esferas de enchimento de espaço (CPK), fitas macromoleculares (fitas sólidas lisas ou fios paralelos), ligações de hidrogénio e representações de superfície de pontos. Os átomos também podem ser rotulados com cordas de texto arbitrárias. Os conformadores alternativos e vários modelos de RMN podem ser especialmente coloridos e identificados em etiquetas átomoas. Diferentes partes da molécula podem ser representadas e coloridas independentemente do resto da molécula ou exibidas em várias representações simultaneamente. A molécula visualizada pode ser girada, traduzida, zoomed e z-cortada (slabbed) interativamente usando o rato, as barras de deslocamento, a linha de comando ou uma caixa de marcação anexa. RasMol pode ler uma lista preparada de comandos a partir de um ficheiro 'script' (ou através de comunicação inter-processo) para permitir que uma determinada imagem ou ponto de vista seja restaurado rapidamente. RasMol também pode criar um ficheiro de script contendo os comandos necessários para regenerar a imagem atual. Finalmente, a imagem renderizada pode ser escrita em uma variedade de formatos, incluindo raster ou vetor PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile ou como um script de entrada MolScript ou Kinemage. As instalações de ajuda RasMol podem ser acedidas digitando "ajuda" ou "ajuda"
história da versão
- Versão RasMol_2.7.5 postado em 2010-12-15
Várias correções e atualizações - Versão RasMol_2.7.5 postado em 2010-12-15
Detalhes do programa
- Categoria: Educação > Outros
- Editor: www.rasmol.org
- Licença: Grátis
- Preço: N/A
- Versão: 2.7.5
- Plataforma: linux